Все действия ролевой происходят в R3. После событий R2 прошло 3 года.
Казалось, что после смерти Лелуша на планете воцарился мир - 11-ые больше не подвергались гнету и мирно сосуществовали вместе. Оставалось только надеяться, что 100-ая императрица Наннали будет сохранять обстановку дел так же и в последующие года. Теперь миром управляет совет делегаций из стран входящих в Новые Сверх Штаты, а точнее всех стран. Нанали, провозглашенная императрицей Британии стала главой этого совета, а Зеро (Сузаку) получил должность главного советника новоиспечённой императрицы. Британия сохранила свою власть, но только в хорошем смысле.

Однако, Лелуш не умер, как все думали. Он просто перестал быть Зеро, потому что отдал эту роль другим. С.С. отправилась в далекое путешествие, разделившись с Лулу. Собственно, почему он выжил - ведьма отдала ему свою способность даровать людям Гиас и быть бессмертным. Сама же С.С. решила, что прежде чем вернуться к Ламперужу, ей хочется узнать мир, каким он стал после войны.

Но то, что Британия перестала представлять из себя некое Вселенское зло, еще не значит, что Евросоюз, терпевший нападения от принца Шнайзеля, забыл про обиды. Объединившись со второй после Британии державой Российской Империей, страны готовят атаку, о которой никто даже не подозревает. Британия слишком упоена пришедшем миром. Обладая внушительной силой, которую тщательно скрывали, Россия готова сделать все, что угодно, дабы отомстить.

Имея собственных шпионов, Лелуш узнает о намерениях Европы и предпринимает решительный шаг - открывает правителям России свою тайну, рассказывает, что был Зеро и дарует младшей дочери Императрицы Российской империи Гиас. Какие тайны вновь стал вынашивать Лелуш, можно узнать только поддавшись течению событий или наоборот, начав их упрямо менять!